菌根土壤中的真菌和植物根系形成的一种互惠共生体。
其表现为菌的活动能扩大根的吸收面积，增加根吸收营养物质的能力。另外，菌根的共同体能分泌生物酶，能够溶解土质中的无机和有机磷化物，增加植物对磷的吸收，促进植物生长，与此同时，共生真菌又从植物体内获取营养物质。菌和植物根系互利互助相得益彰形成一种特别的生存模式。这些菌根类型有内生、外生等类型，在作物上我们了解得较多的是丛枝菌根。
在多种农作物中都能形成丛枝菌根，主要是豆科和禾本科植物，如玉米、小麦、大豆、菜豆、马铃薯、番茄、苹果、葡萄、柑橘等。十字花科较少发现。
丛枝菌根，一方面从作物端供给菌群碳源和能量以维持菌群生长代谢，另一方面，旺盛的菌群生命活动大量作用于根系周边土壤，降解土壤中的固化成为作物吸收，在根系周围形成良好的温湿环境和充足的营养，作物根系生长发达，作物生长茁壮，具有更强的抗逆性。菌根周围较大空间范围内的菌群活动，减少或抑制了病原菌的生长，表现出防病效果。